Lagosanto, pur non facendo parte geograficamente dell'isola Pomposiana fu ugualmente incorporata tra i beni del Monastero.
Da Pomposa, dapprima con contratti privati e poi collettivi, la comunità laghese ebbe in enfiteusi terre e valli da lavorare e da migliorare.
Ovviamente tutto questo previo pagamento del canone convenuto.

Questa speciale condizione gli fu riconosciuta e rispettata per diversi secoli, sia da Pomposa stessa, sia dagli Estensi, sia dal Governo Pontificio.
La situazione si capovolse con l'arrivo di Napoleone Bonaparte in Italia, il quale, calpestando gli antichi diritti e avido di denaro, vendette a Comacchio che ne aveva fatto richiesta, le tre valli maggiori, Trebba, Ponti e Isola.

Questo fatto diede vita a numerose contese, anche di carattere giudiziario, tra le due popolazioni rivali con soddisfazione della città lagunare.
Dopo il Mille, causa principale l'incuria, le opere idrauliche di Etruschi e Romani cominciarono a decadere, e le acque, non più regolate, sommersero gran parte del territorio.
Da qui l'origine delle valli che, dopo alcuni secoli, vennero arginate ed attrezzate per la pesca razionale.

In questo modo le uniche risorse economiche locali, sino alle bonifiche idrauliche di fine Ottocento e inizio Novecento, furono quasi esclusivamente la caccia e la pesca.

Mentre Ferrara era in lotta contro il potere ecclesiastico per espandersi verso il mare, Lagosanto, insieme a Codigoro, potè avviare una certa autonomia comunale, una specie di libertà limitata sotto il controllo di Pomposa.
Ciò avvenne negli anni 1225-1260, periodo nel quale possiamo datare la nascita del primo Comune laghese che, come altri, trasse origine dalla pieve o parrocchia.

Quando Pomposa verrà assorbita dagli Estensi (1415) e l'autorità dell'Abate sarà circoscritta alle mura del convento, il Comune potrà dirsi veramente autonomo.
Nel periodo 1453-1598 Lagosanto ebbe rapporti particolari con gli Estensi, interessa-
ti ad una politica di forte presenza in tutto il Basso Ferrarese.
I duchi presero in affitto le valli Trebba, Ponti e Isola, come attestato dai numerosi contratti stipulati (1453, 1503, 1521), per i quali versarono alla comunità laghese il canone stabilito e riservarono ad essa alcuni diritti, come quello di fiocinare il pesce entro determinati limiti, per le necessità delle famiglie locali.

Anche il Governo Pontificio riconobbe Lagosanto proprietario delle maggiori valli e per l'affittanza gli corrispose un canone annuo di 1200 scudi; ma, in realtà, ne dispose a suo piacimento, subaffittandole agli stessi appaltatori delle valli di Comacchio.
A Lagosanto rimasero così "libere" soltanto le vallette di Bosco, Corno di Cervo, Sabbionchi, Mandura,   Poazzo e Prove (ora Oppio).

E' certo che la politica dei Cardinali fu apertamente benevola nei confronti di Comacchio, mentre si rivelò piuttosto restrittiva e dura verso Lagosanto.
Basta ricordare che a Lagosanto fu vietata la fabbricazione delle fiocine, visto che solo Comacchio ne aveva l'autorizzazione.

Con l'avvento dell'unità d'Italia riprende il discorso delle bonifiche del Basso Ferrarese, ma solo a livello imprenditoriale privato.
Così nel 1872, un gruppo di bonificatori iniziò a proprie spese la costruzione dello stabilimento idrovoro di Marozzo e l'anno successivo le paludi di Valle Gallare e dintorni furono prosciugate.

Attorno al 1920 iniziò ad affacciarsi anche l'agricoltura, il paese si ingradì tanto che negli anni Quaranta si toccò quota ottomila abitanti.
Nel 1961 su 1.795 persone attive ben 1.071 erano ancora dedite al lavoro nei campi (oltre il 59%).

Nel 1990 erano scese a 442 unità (meno del 20%).
Nel corso delle bonifiche idrauliche del 1919-29, a margine della frazione di Tombe, venne alla luce una ricca necropoli i cui reperti sono attualmente conservati nel Museo Archeologico di Ferrara.

Anche i Romani lasciarono a Tombe dei segni della loro presenza: qui sono stati individuati degli avanzi di laterizi prodotti dalle fornaci Panalana e Solonas. Successivamente con il Cristianesimo si innalzarono in zona monasteri e chiese, rifugio di comunità religiose durante i secoli delle dominazioni barbariche quali il Monastero di Cella Voltana, quello dei santi Vito e Modesto o dell'Isola, la chiesa di San Gervasio.

Fra questi monaci anche il benedettino Appiano, ligure, vissuto in santità tra il Settecento e l'Ottocento, inviato qui per organizzare la raccolta del sale per il suo monastero di «Ciel d'Oro» di Pavia.
Egli abitò in una povera cella alle Vignole (località a nord di Lagosan-to), dove, qualche anno dopo la sua morte, i laghesi eressero una chiesa in suo onore.

Erano i tempi delle grandi lotte. Scontri accesi, scioperi che durarono mesi, 1.800 processati ma nessun morto anche se gli episodi di tensione non mancarono.
Poi la guerra, la massiccia emigrazione verso i grandi centri industriali del Nord ma anche in altre zone, in modo particolare a Castiglione Olona nel Varesotto e all'estero, soprattutto in Svizzera.

Poi la ripresa e lo sviluppo di questi ultimi anni coinciso con l'apertura dell'ospedale del delta di Valle Oppio con annessi servizi con la popolazione aumentata di 400 abitanti in sei anni. Lagosanto è il paese che è cambiato di più negli ultimi anni.